El Laboratori de l’EMA du a terme anàlisis químiques i microbiològiques per als serveis de l’Àrea Metropolitana de Barcelona que ho requereixin. Així mateix, mitjançant una llista de preus públics ofereix els seus serveis a clients externs, com ara ajuntaments, entitats ambientals de control (EAC) o particulars interessats.

L’any 2009 s’ha mantingut el nivell dels controls d’aigües residuals en relació amb l’aplicació del Reglament Metropolità d’Abocament d’Aigües Residuals, considerant conjuntament les inspeccions a indústries i el control de col·lectors. Pel que fa a les aigües regenerades, s’ha assumit el mostreig i anàlisi dels controls necessaris a la sortida del terciari de l’EDAR del Prat de Llobregat. Uns altres serveis realitzats consisteixen en l’anàlisi d’aigües, lixiviats, sòls o contaminants atmosfèrics per al control d’instal·lacions de tractament de residus sòlids, la vigilància de la qualitat de les platges, etc. En total, s’han dut a terme prop de 40.000 determinacions analítiques per a clients molt diversos en tot tipus de mostres ambientals: aigües residuals, superficials, de pous, lixiviats, sorres de platja, sòls contaminats, residus sòlids i també de suports de captació de contaminants atmosfèrics.